Quỹ Bình ổn giá xăng dầu đã được vận hành khá lâu. Việc trích lập và sử dụng nguồn quỹ này được thực hiện theo quy định, với mức trích lập và thời điểm trích lập đều được Bộ Tài chính tính toán dựa trên những biến động của thị trường và có thông báo đến các doanh nghiệp đầu mối thực hiện. Quỹ cũng được hạch toán vào tài khoản riêng và chỉ được sử dụng vào mục đích bình ổn giá.
Mặc dù khẳng định việc trích lập, quản lý và sử dụng quỹ là cần thiết, song trong kết luận mới công bố gần đây Kiểm toán Nhà nước vẫn chỉ ra rằng, việc chi quỹ này còn nhiều bất cập. Cụ thể, khi giá cơ sở tăng so với kỳ điều hành giá trước đó, nhưng vẫn thực hiện trích và chi Quỹ Bình ổn giá xăng dầu. Như vậy, với cách điều hành giá theo quy định hiện nay sẽ làm cho giá xăng dầu vẫn tăng sau khi thực hiện điều hành giá và thực tế nhiều doanh nghiệp đầu mối vẫn còn tồn quỹ với giá trị lớn sau khi điều chỉnh tăng.
Để khắc phục tình trạng trên, Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị chỉ trích quỹ khi giá giảm để giá vẫn ổn định (bình ổn giá) và tạo nguồn cho quỹ; giá tăng không trích (để không làm tăng giá - đạt mục đích bình ổn giá) và sẽ dùng quỹ bình ổn để bù đắp; thiếu quỹ mới tăng giá. Tuy nhiên, cũng cần phải cân đối mức chi sử dụng quỹ không nên ở mức quá cao, thời gian chi không nên kéo dài, vì điều này sẽ dẫn đến giá bán trong nước thoát ly với giá thế giới, nhanh cạn quỹ và khi đó buộc phải tăng giá.
Hiện việc có nên tiếp tục duy trì quỹ này là một chủ đề gây nhiều tranh cãi. Đại diện Bộ Công Thương đã có ý kiến, có thể bỏ Quỹ Bình ổn giá xăng dầu nhưng cần lựa chọn thời điểm thích hợp. Nhiều chuyên gia kinh tế cũng ủng hộ việc bỏ quỹ, do ban đầu việc thành lập quỹ là để bình ổn giá vì người dân, nhưng không có đại diện của người dân trong điều hành, người dân không biết việc điều hành quỹ ra sao... Do đó, các ngành chức năng, cấp có thẩm quyền cần cân nhắc kỹ việc có nên bỏ Quỹ Bình ổn giá xăng dầu sao cho hợp lý.
